57 ans apres les evenements du Nostromo, Ellen Ripley est retrouvee en hibernation dans l'espace.
La colonie LV-426, ou l'Alien fut decouvert, ne repond plus aux appels depuis plusieurs semaines.
Ripley accepte d'accompagner un groupe de marines coloniaux pour enqueter sur place.
A leur arrivee, ils decouvrent la colonie devastee et des traces de lutte violente.
Les Marines trouvent une survivante, Newt, une petite fille qui s'est cachee dans les conduits.
Le groupe decouvre un nid d'Aliens et la reine qui pond des centaines d'oeufs.
Burke, un representant de la Compagnie, tente de recuperer des specimens d'Aliens vivants.
Les Marines sont decimes un a un par les creatures qui envahissent leur position.
Ripley et Newt tentent de s'echapper, poursuivies par la reine Alien.
Dans un combat final, Ripley utilise un exosquelette de chargement pour vaincre la reine.